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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已彰显出宽泛的动物渗透性，还有抗癌肿和抗病力毒反应。往往，三萜是完成甲羟戊酸前提条件组成的，并从大自然值物和病菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表过了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研小作文。该科研发展三萜类化学物质灵芝粉粉酸（GA）是用全自动培训的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物体流量转化引起的。在转录组和淀粉酶质组学方法进这一步探秘无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT引起不同灵芝粉粉酸（GA）的制度化，并不同两组学方法判断到的差别的表观遗传和差别的淀粉酶，猜测DHT 微生物体合成图片 GA 的手段。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和职能几大类

在对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体对其进行转录组测序共能够 67230个转录本和142915个单dna。在等等单dna中，49俩个被鉴别为不同抒发出dna（DEGs），这其中的213个抒发出上涨，279个抒发出调低（图1A）。GO丰度剖析后，DEGs分动物环节（BP）、上皮上皮细胞成分表（CC）和氧分子用途（MF）3类。在BP类属中，显现了前3个子类属：消炎药葡萄糖脱色产生环节，冰醋酸盐产生环节和甲酸盐产生环节;而在CC类属中，上皮上皮细胞外区、突触和好体、突触结构的是前3个亚类。对MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性氧酶、脱色还原成酶抗逆性氧酶和酸氨（或酰胺）接酶抗逆性氧酶是前3个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG通道剖析中，前30条丰度度最高的人的通道有27条是产生，这其中的甲烷气体产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生移动信号通道有效丰度（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和能力类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体做出血清质组学概述，共要判断了16,457种独家肽、2606种血清质和2588种一定量血清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的筛分條件下，你不在2606种血清质中，94种被签别为差别形容血清（DEPs），当中52种上涨，42种再降（图2A），图2C体现了差别形容血清的聚类深入探讨概述热图。从GO概述看来，BP类目体现，一般数DEPs参入醋酸钠盐葡萄糖腐蚀新陈代谢转化率率时候、抗生素类葡萄糖腐蚀葡萄糖腐蚀新陈代谢转化率率时候和抗癫痫药物葡萄糖腐蚀葡萄糖腐蚀新陈代谢转化率率时候。CC类DEPs在神经上皮内部外区、过腐蚀物酶体和微体中总额是极高的，腐蚀恢复原酶催化亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）催化亲水性在MF类中DEPs的占比是极高的（图2B）。与转录组没想到相同，KEGG通道概述体现，更多DEPs在葡萄糖腐蚀新陈代谢转化率率中生物制品学丰度，当中3条最生物制品学丰度的手段是光合生物制品学中的碳固定不动、碳葡萄糖腐蚀新陈代谢转化率率和MAPK4g信号通道（图2D）。除外，完成概述GO统计同时在线的CC对DEPs做出亚神经上皮内部精准定位概述和注脚（图2E），DEPs关键数据分布在神经上皮内部质（40.66%）、神经上皮内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），本体论上是GAs生物制品学提炼的关键定位。

图2|高蛋白质组的参考值浅析和功能表效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物还原成和参考组侯选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个一定的差异展示什么是dna组（图3A）。对转录组和血清酶质组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs对其进行聚类算法定量阐述，发觉mRNA和血清酶质区间内有16个上涨什么是dna组和6个再降什么是dna组，DEGs前者翻译英语的DEPs展示级别呈正涉及到，来源于Pearson的涉及到比率定量阐述，在转录组和血清酶质组区间内测试到相对的较高的涉及到性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验报告单显视，E组和C组15个DEGs的展示技术异同偏态，中间9个为上浮DEGs，1个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展示浪潮与转录类物质析报告单一直。

图3|球蛋白质含量组的酶联免疫法定量分析和模块查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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